Раз сайт считается адаптивным то для подключения Метрики достаточно вставить её код в основной шаблон index.html и будут корректно фиксироваться визиты и десктопов и мобильных. Ничего править в мобильных шаблонах ненужно.

Переходили со старой темы на эту новую.

Код можно вставить в самое начало шаблона?